El origen de la ciudad se remonta a finales del siglo XVIII, cuando la corona portuguesa distribuyó la tierra en las orillas de los militares Lagoa dos Patos que se destacó en las guerras contra los españoles. Los propietarios construyeron capillas en la devoción a sus santos favoritos. En 1807, los residentes de Boqueirão granja construida la capilla de Nuestra Señora de la Concepción, en torno al cual se desarrolló la ciudad que es la cuna de la ciudad. En 1830, la ciudad de Boqueirão Granja, fue elevado a parish, por Don Pedro I, siendo desmembrada del Río Bravo Pueblo y se incorpora en la ciudad de San Francisco de Paula, actual Pelotas. En 1850, el Coronel José Antonio de Oliveira Guimarães donó parte de las tierras de cultivo para un nuevo asentamiento y en 1858 firmó un contrato con el prusiano Jacob Rheingantz que dio origen a la colonización alemana, predominantemente en la región de Pomerania. El pequeño puerto situado en la desembocadura del Arroyo San Lorenzo, que ha servido a la escuadra comandada por Giuseppe Garibaldi durante la Revolución Farroupilha, se convirtió en uno de los puertos más importantes del sur de veleros mercantes de Brasil, lo que contribuye al progreso de la colonia que era genial la producción de papa en el siglo 19 y la parte de la casa del siglo 20, donde Rheingantz instalada la administración de la colonia y su residencia se conserva y se integra en el patrimonio arquitectónico de la ciudad.

El escenario de muchas batallas en el siglo 19 debido a la Revolución Farroupilha, Sao Lourenço do Sul tiene pasajes importantes en la historia de la formación del Rio Grande do Sul. La Fazenda Sobrado, situado en las orillas del Laguna de los Patos y sirvió como refugio Giuseppe Garibaldi, además de ser utilizado como sede de Bento Gonçalves durante las batallas contra el ejército imperial, es una prueba testimonial de estos hechos.

Estos eventos se mantienen vivas en la memoria de la ciudad y se conservan para la posteridad. Es en este espíritu que San Lorenzo escribe su historia, con un gran respeto a lo que ocurrió y ávido de nuevas conquistas.
A pesar de la Parroquia Boqueirão fue elevado a la categoría de ciudad y emancipado de Pelotas en 26/04/1884, la sede del nuevo municipio fue trasladado el 15/02/1890 a San Lorenzo, que salió a 31/03/1938 ser ciudad.